故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，高品校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，高品碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
麻吉弟弟
回复 :故事叙述一个巧妙的契机，在泰瑞进入飞哥小佛家五周年纪念日当天，飞哥做了一个用大型鸭嘴兽羽毛球机器，而且两人就坐在里头，在阴错阳差之下撞上了背着两人驾着火箭车出任务的泰瑞，意外弹到了杜芬舒斯家中，飞哥与小佛因此结识了杜芬舒斯，并帮杜芬舒斯修好被他们撞烂的”超时空终结者”，刚好泰瑞在此时闯进杜芬舒斯家，因为不能被家中主人发现，所以只好变回毫无威胁性的鸭嘴兽。飞哥帮忙修好机器后，一行人进入了另一个时空。那个时空是一个被穿黑袍的独眼杜芬舒斯独裁统治的三州地区，莫来管队长则成了独眼杜芬舒斯底下的助理。独眼杜芬舒斯把自己那个时空的鸭嘴兽泰瑞给改造成了自己的邪恶部属，而此时泰瑞也在情急之下暴露了自己的身分，秘密特务的身分让飞哥很不谅解，他把泰瑞当成家人，而家人是不该有秘密的，独眼杜芬舒斯命令机械鸭嘴兽去攻击鸭嘴兽泰瑞，在经过一番缠斗之后暂时甩掉了他，但鸭嘴兽泰瑞却想独自去对付独眼杜芬舒斯却失败被俘，飞哥想回到自己的时空，但是时空终结者的遥控器却失灵了，于是他们去找属于那个时空的自己，却发现另一个自己却和本身判若两人，毫无想像力，而且不知道暑假是什么。于是他们又去找了那个时空的伊莎贝拉，发现伊莎贝拉是杜芬反抗军的一名军官，而飞哥的朋友们在那个时空也都成了反抗军的一员，凯蒂斯则是反抗军头领。另一方面独眼杜芬舒斯听了杜芬舒斯所叙述的另一个三州地区，于是想利用时空终结者到飞哥本来的时空进行大规模侵略，但是杜芬舒斯却忘了怎么启动，独眼杜芬舒斯只好利用手上的鸭嘴兽泰瑞当人质把飞哥他们全抓过来，杜芬舒斯在此时想起了如何改造，开启了时空之门，但独眼杜芬舒斯却因为杜芬舒斯过于懦弱，所以把他连同飞哥他们一起送去喂怪兽，此时那个时空的凯蒂斯救了他们，并用时空之门展开大逃亡。逃回了自己的时空，却发现独眼杜芬舒斯的机器大军也入侵了自己的家园，于是他们找到藏在家里的密道，找到鸭嘴兽泰瑞留下来的秘密武器，原来是飞哥他们在暑假做的所有发明，两个时空的人用飞哥的发明合力击退了独眼杜芬舒斯的机械军团，飞哥摧毁了机器人的主控制台，让机器人全部当机，而压嘴兽泰瑞也打败了机械泰瑞，消除它的邪恶思想。杜芬舒斯用独眼杜芬舒斯最心爱的玩具火车头把他引回属于他的时空，并被反抗军和莫来管所擒。因为泰瑞暴露了自己的身分，所以必须遣往别处，凯尔建议用杜芬舒斯的记忆终结者消除他们的记忆，飞哥因为这一连串经历过于精彩所以舍不得删除，但小佛提醒他美好的记忆可以自己创造，但泰瑞只有一只，所以选择删除记忆，一切又回复正常。(在记意删除前,伊莎贝拉亲了飞哥一下)
温胜光
回复 :为了拯救天界的危机，路西法重新开始行动。在这样的情况下，曾经被打倒的罪恶天圣凯特尔以对路西法的极度憎恶为粮食复活了。但是，那强烈的憎恶，不知不觉间变成了扭曲的爱……！凯特尔为了与路西法结合，进入了友利等9名大天使长之一，开始了玩弄她们之间信赖关系的“凯特尔挑战”。究竟鲁西法能否阻止凯特尔的暴走……！？
回复 :这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。
