故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，久精这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，久精在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。
史黛芬妮
回复 :战火纷飞的外星异世界，一艘太空船摆脱追兵高速离去。此刻在银河遥远的另一端，地球上的天才少年发明家阿纯正和一班朋友们过着无忧无虑的校园生活。晚上阿纯回到家时，家里自制的飞碟探测器突然警报大作。阿纯激动地邀约死党凌子前往郊外寻找坠落的飞碟，在一个燃烧着火焰的大坑旁边，阿纯找到了有生以来最大的发现——装有外星人的逃生舱……
蒲公英合唱团
回复 :一直以来，艾莲娜（Kelly Sheridan 配音）都过着无忧无虑的生活，整日和花朵仙女们、唱歌、跳舞，开心又自在。不幸的是，一场可怕的疾病传染了开来，花朵枯萎失去了往日的颜色，同伴们亦郁郁寡欢再也不能自由的飞向，看着昔日的乐园变成了如今的荒芜，艾莲娜心痛又焦急。传说守护天使阿祖那（Venus Terzo 配音）知道解决这一切麻烦的方法，可她却身处遥远的梦幻仙境之中，为了拯救赖以生存的家园和朋友们，勇敢的艾莲娜义无反顾的踏上了冒险的旅程。在漫长而遥远的旅途中困难重重，善良天真的艾莲娜会遭遇怎样的奇遇呢？她又能否顺利的完成任务，重建美好的家园呢？
西单女孩
回复 :位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。真相究竟如何……本片为《名侦探柯南》第15部剧场版。
