来自异次元的种族MU占领了东京，东宫并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，东宫他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
回复 :位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
回复 :849年，立志成为宪兵的让经过两年的艰苦历练终于实现愿望，荣归故里。他们在托洛斯特地区的街头巷尾进行实战演习，原本踌躇满志的让接二连三被队友赶超，心中满是愤懑和不甘。赛后他和沙夏等队友发生争吵，并且发誓要在次日的对决中一决胜负。就在此时酒气熏熏的皮克西斯司令突然出现，他宣称将由自己充当裁判，而比赛的内容则改为料理对决。为了找到上等的食材，让和伙伴们纵马来到野外，准备猎杀之前为害乡里的野猪，谁知沙夏一行也尾随而至。沙夏她们最先与野猪遭遇，而事态则朝着难以预测的方向发展……
回复 :广袤的美国西部地区，野马史比瑞特和他的族群过着平静的生活。然而，当史比瑞特第一次见到人类时，他就被抓去训练成战马。幸好善良的印第安小男孩小溪将史比瑞特从训练营里救了出来，并带他回到了自己部落。在小溪的部落，史比瑞特遇上了斑纹木马小雨。这一次，史比瑞特对回家乡还是留下来感到难以抉择，因为他深深爱上了小雨。小溪察觉出了两匹马的爱情，他决定让他们一起回史比瑞特的家乡。当史比瑞特刚刚依依不舍的和小溪告别后，小溪的部落就遭到了骑兵的袭击。史比瑞特和小雨马上回去救小溪，慌乱之下，小雨替小溪挡了一枪，而史比瑞特也重新被抓……
