晴朗时节，亲亲江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、亲亲小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
乐瞳
回复 :
黄莺莺
回复 :三毛自幼失去了父母成为了无家可归的流浪儿，他日日风餐露宿孤苦伶仃，靠着捡烟头的零星收入维持生计。某日，三毛遇见了善良的面粉大王吴子福，吴子福慷慨的资助了三毛，使三毛的日子稍微好过了起来。然而，这种状况没有维持多久，吴子福便跳楼身亡。吴子福的死亡引起了报社记者侯逸文的注意，他觉得这起事件绝非表面所看到的那么简单，他决定调查事件的真相。与此同时，三毛找来了一套擦鞋的工具，开始了他的擦鞋匠生涯，在此过程中，三毛饱受欺凌和侮辱，但他仍然凭借着自己的智慧和正义感戳穿了修车人的阴谋，不想却遭到了后者的报复。
刘悦
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
