晴朗时节，国土江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、国土小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
回复 :故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :
回复 :奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方になるとともに、2人の仲も次第に深まる。そんな中、東西に分かれた裏社会のうち、竜也たちの属する東側に、西側の人間である影鰐が入りこんでくる。これがきっかけで東西の裏社会どうしで騒動が起き、小鉄たちもその中に巻き込まれていく。様々な難敵との闘いや出来事の末、裏社会の騒動は東側の勝利に終わった。
