52ヘルツのクジラとは、莉莉他のクジラが聞き取れない高い周波数で鳴く世界で一匹だけのクジラ。何も届かない、莉莉何も届けられない。そのためこの世で一番孤独だと言われている。自分の人生を家族に搾取されてきた女性・貴瑚と、母に虐待され「ムシ」と呼ばれる少年。孤独ゆえ愛を欲し、裏切られてきた彼らが出会い、新たな魂の物語が生まれる――。