晴朗时节，春暖江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、春暖小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
回复 :小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
回复 :战火纷飞的外星异世界，一艘太空船摆脱追兵高速离去。此刻在银河遥远的另一端，地球上的天才少年发明家阿纯正和一班朋友们过着无忧无虑的校园生活。晚上阿纯回到家时，家里自制的飞碟探测器突然警报大作。阿纯激动地邀约死党凌子前往郊外寻找坠落的飞碟，在一个燃烧着火焰的大坑旁边，阿纯找到了有生以来最大的发现——装有外星人的逃生舱……
回复 :秋秋博士麾下的香蕉兵团肆意掠夺哆啦岛居民的幸福能量，并用掠夺的幸福能量给哆啦岛制造巨大危机。小靖和五名吼吼龙伙伴成立了吼吼龙守卫队，前去迎战强大的香蕉兵团，救助受困的群众，平息街道的混乱。在和香蕉兵团的屡次交锋中，吼吼龙守卫队变得越发强大团结。他们逐渐得到了居民们的认可，成长为真正的英雄。