里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，国产居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，国产过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
回复 :在同学的眼中，森田真由（花泽香菜 配音）是一个沉默寡言的神秘女生。其实，真由的个性并非如此，母亲森田由美（七瀬亜深 配音）的教导影响了她的性格，导致真由每一次想要说话的时候，都在脑中进行着信息量巨大的深思熟虑，而正是这样的思考，另真由错过了最佳的应答时机，久而久之，落下了无口女的称号。但是，这样的真由并不寂寞，率真坦诚的村越美树（戸松遥 配音），知识量充沛的三浦千寻（早见沙织 配音），单纯野性的松坂花（南条爱乃 配音），学习和运动皆是万能的山本（平贺三恵 配音），在这些同学的陪伴下，真由的学校生活常常充斥着数不尽的惊喜和笑料。
回复 :每期会请名厨和蛋糕设计师评委带来精美蛋糕，再让几名普通人选手有样学样烘烤制作。每期最后的获胜者能赢得一万美元的奖金。
回复 :トップをねらえ!科学講座 4話（本編第1-4話までの各話の最後に収録のミニコーナー）新・トップをねらえ!科学講座 2話（LD-BOX『オカエリナサイBOX』に収録された映像特典、鶴巻和哉第1回監督作品）帰ってきたトップをねらえ!科学講座 2話（Blu-ray Boxに収録された映像特典）
